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二者的不同：ISO22000研究的是食品安全，ISO9001研究的是产品质量。ISO22000关注食品链中组织间和组织内的沟通、食品安全方针、突发事件准备和响应、安全产品的策划和实现、前提方案(基础设施、工作环境)等;ISO9001包含以顾客为关注焦点、与顾客的沟通、质量方针、不合格品控制、产品实现等条款。ISO22000可以独立于其他管理体系标准单独使用，其实施可结合或整合现有相关管理体系要求，组织也可利用现有管理体系建立一个符合ISO22000的食品安全管理体系。当与其他管理体系一起使用时，组织的最高管理者必须承诺能够满足ISO22000的要求。ISO22000旨在协调全球范围食品链内食品安全管理的要求，尤其适合于、更连贯和更有整体性的食品安全管理体系，而不仅是针对某一点解决某一问题。ISO22000的应用不以守法为低要求，但它要求组织将有关食品法律法规要求纳入食品安全管理体系。
ISO22000与ISO9001的区别和联系
ISO22000与ISO9001的共同点有：管理思想一致。均采用过程控制方式，通过识别过程，确定控制内容，制定控制方法，验证控制方法的有效性，改进和完善体系。采用的术语基本一致。除ISO22000重新定义的4个术语外，ISO9000的其他术语和定义在ISO22000中均适用。结构基本相同。基本采用管理职责、资源管理、产品实现、验证和改进四大部分。ISO22000考虑了ISO9001的条款，以加强相互的兼容性。除涉及食控制内容外，管理体系中共性要求的条款一致，容易实现组织建立食品质量和安全管理体系。在质量管理体系框架内设计、运行和更新食品安全体系，并将之纳入到组织的整体管理活动中，将为组织和相关方带来大的利益。ISO22000尽管为其他管理体系提供了接口，但组织实施ISO22000认证时，仅关注食品安全方面的问题。但不排斥组织将其他管理体系要素的内容结合于体系中。
